In seiner Monografie über die Zwerghamster der paläarktischen Fauna erklärt Flint (1966), dass die Ernährung der meisten Zwerghamsterarten aus Samen beinahe aller einjährigen und mehrjährigen Gräser und einiger Sträucher in ihrem Habitat besteht. Wirbellose machen einen bedeutenden Teil aus, während vegetative Pflanzenteile nur in geringem Maß aufgenommen werden. Die Flora der Paläarktis ist sehr vielfältig und einem jahreszeitlichen Wechsel unterworfen, sodass auch die Nahrung von Zwerghamstern sehr abwechslungsreich ist.

Der Roborowski-Zwerghamster (Phodopus roborovskii) in Tuwa (südliches Sibirien) ernährt sich entsprechend der Analyse des Inhalts der Backentaschen vor allem von Sandsteinkraut (Alyssum desertorum), Erbsenstrauch (Caragana), Salpeterkraut (Nitaria), Drachenkopf (Dracocephalum peregrinum), Hauhechel (Astragalus) und Seggen (Carex), während vegetative Pflanzenteile und tierische Nahrung keine Bedeutung haben. (vgl. ebd.)

Bei einer neueren Freilandstudie in der mongolischen Hunshandak-Wüste fingen Wan et al. (2007) monatlich Roborowski-Zwerghamster und analysierten sowohl den Inhalt der Backentaschen als auch den Mageninhalt, um mehr über deren Ernährungsgewohnheiten zu erfahren. Die Ergebnisse zeigen, dass über 85 % der Nahrung aus Pflanzensamen bestehen, die Tiere aber auch Insekten, Blätter und Stängel aufnehmen. Die tägliche Futteraufnahme korreliert mit dem Körpergewicht. Zudem haben Jungtiere einen höheren Futterbedarf als gleich schwere Erwachsene. Die Forscher errechneten für Roborowski-Zwerghamster einen durchschnittlichen Bedarf von 2 g Samen pro Tag.