Während männliches Genital und After bedingt durch die Hoden etwa einen Zentimeter voneinander entfernt sind, ist der Abstand zwischen Genitalöffnung und After beim Weibchen sehr klein. Teilweise kommen jedoch auch Männchen vor, bei denen die beiden Öffnungen so eng beieinander liegen, dass man sie für Weibchen halten könnte. Besonders bei Jungtieren ist die Geschlechtsdiagnose oft schwierig und zwingt zum spekulieren. Es kommen mitunter auch Hermaphroditen vor, diese bleiben in der Regel zeitlebens etwas kleiner als eindeutig männliche oder eindeutig weibliche Tiere. Wer bei der Bestimmung unsicher ist, kann sich von erfahrenen Halter_innen oder Tierärzt_innen helfen lassen.

Bei vielen Tierarten kommt ein ausgeprägter Geschlechtsdimorphismus vor. Dies bedeutet, dass Männchen und Weibchen sich durch körperliche Merkmale (Größe, Form, Farbe) erheblich voneinander unterscheiden.  So zeichnen sich männlichen Individuen der meisten Hirscharten durch ein Geweih aus, während die Weibchen "kahl" bleiben. Auch beim Blauen Pfau (Pavo cristatus) ist nur der Hahn blau, die Henne ist unscheinbar graubraun und ihr fehlen zudem die charakteristischen Rückenfedern die der Hahn in der Balz zu einem Rad auffächert. Der madegassische Mohrenmaki (Eulemur macaco) bildet ein besonders krasses Beispiel: Die Männchen sind tiefschwarz, die braunen Weibchen mit den weißen Kopfhaaren könnte man für eine fremde Spezies halten.

Ganz so große Unterschiede gibt es bei kleinen Nagetieren leider nicht. Jedoch können erfahrene Halter bestätigen, dass es gewisse körperliche Merkmale gibt, die es erlauben ein Tier diesem oder jenem Geschlecht zuzuordnen. Männliche Campbell-Zwerghamster haben einen breiteren Kopf als die Weibchen, sie werden schwerer und bei kapitalen Männchen sind während dem Sitzen und Laufen die Hoden mit einem Blick zu erkennen. Weibchen sind insgesamt zierlicher, besonders der Kopf ist weniger wuchtig. Natürlich gibt es hier Ausnahmen, wie beim Menschen auch.

Gibt das äußere Erscheinungsbild keine besonderen Anhaltspunkte, lohnt es sich, auf das Verhalten der Tiere zu achten und daraus Rückschlüsse zu ziehen. Ausgewachsene Männchen kommen bei mir grundsätzlich als letztes zum Fressen aus der Höhle. Während die Weibchen bereits auf ihre Futterration warten, darüber herfallen und emsig hamstern, gehen Männchen das Tagesgeschäft gemütlicher an. Es sind zudem meistens Weibchen, welche neue Wohnhöhlen bauen und Nistmaterial ranschaffen, während Männchen sich teilweise nur notdürftig im Streu vergraben. Gibt es lautstarken Streit in einer Gruppe, wird dieser meistens von Weibchen provoziert. Entweder stellen zwei Weibchen die Rangfolge klar, oder ein Weibchen weist ein Männchen in die Schranken. Männliche Tiere sind sehr leicht zu identifizieren, wenn ein Weibchen paarungsbereit ist. Sie verfolgen dieses auf Schritt und tritt und machen Annäherungsversuche. Es ist jedoch nicht ratsam, allein für die Geschlechtsbestimmung eine Paarung und Trächtigkeit zu riskieren. Im Zweifelsfall ist also der Blick in die Ano-Genital-Region der sicherste Weg.